Nền độc lập của Montenegro được công nhận vào năm 1878, và năm đó Montenegro đã sử dụng màu ba màu đỏ-xanh-trắng nằm ngang của Serbia (với các liên kết lỏng lẻo) cho quốc kỳ của riêng mình. Màu sắc pan-Slavic của nó được lấy cảm hứng từ quốc kỳ Nga. Khi Montenegro có được một lực lượng hải quân, biểu tượng của Hoàng tử (sau này là Vua) Nicholas đã xuất hiện trên thiết kế. Sau Chiến tranh thế giới thứ nhất, Montenegro độc lập cùng với một số quốc gia Balkan khác trở thành một phần của Vương quốc Serb, Croat và Slovenes (sau đó được đổi tên thành Nam Tư) và không có quốc kỳ của riêng mình. Nam Tư đã bị giải thể bởi phe Trục trong Thế chiến II; Montenegro, trên danh nghĩa độc lập, đã bị Ý chiếm đóng và một lần nữa bay ba màu đỏ-xanh-trắng từ tháng 7 năm 1941 đến tháng 11 năm 1943.
Nam Tư được tái lập như một liên bang sau chiến tranh và các nước cộng hòa thành phần của nó được phép sử dụng cờ. Montenegro đã sử dụng ba màu của nó, với một ngôi sao màu đỏ viền vàng ở giữa, từ tháng 12 năm 1946 cho đến năm 1993. Nước cộng hòa này vẫn (cùng với Serbia) trong liên bang Nam Tư sau khi các nước cộng hòa khác ly khai khỏi nó vào đầu những năm 1990; đất nước này được biết đến với cái tên Serbia và Montenegro vào năm 2003–06.
Vào ngày 13 tháng 7 năm 2004, Montenegro đã thông qua một lá cờ đặc biệt. Dựa trên một biểu ngữ cũ của hoàng gia, quốc kỳ mới của Montenegro có màu đỏ viền vàng. Ở trung tâm của nó là một con đại bàng hai đầu màu vàng hiển thị một chiếc khiên với một con sư tử — những cánh tay của triều đại Njego that từng cai trị Montenegro. Năm 2006, một cuộc trưng cầu dân ý ở Montenegro ủng hộ việc ly khai khỏi liên bang, và nền độc lập được tuyên bố vào ngày 3 tháng 6; lá cờ của năm 2004 đã trở thành quốc kỳ của Montenegro vào ngày đó.
