Thành phố Boerne kiện Flores , trường hợp mà Tòa án Tối cao Hoa Kỳ vào ngày 25 tháng 6 năm 1997, đã phán quyết (6–3) rằng Đạo luật Khôi phục Tự do Tôn giáo (RFRA) năm 1993 vượt quá quyền hạn của Quốc hội. Theo tòa án, mặc dù đạo luật này là hợp hiến liên quan đến các hành động của liên bang, nhưng nó không thể được áp dụng cho các bang.
Ở Boerne, Texas, nhà thờ Công giáo địa phương, một tòa nhà theo phong cách adobe truyền thống, đã trở nên nhỏ bé cho hội thánh của nó, và vào năm 1993 Patrick F. Flores, tổng giám mục của San Antonio, đã xin giấy phép để mở rộng nhà thờ. Hội đồng thành phố đã từ chối giấy phép, viện dẫn một sắc lệnh được thiết kế để bảo tồn khu lịch sử của nó. Flores đã đệ đơn kiện, tuyên bố rằng việc từ chối giấy phép đã vi phạm RFRA, trong đó tuyên bố rằng “[g] quá mức sẽ không gây gánh nặng đáng kể cho việc thực thi tôn giáo của một người ngay cả khi gánh nặng đó xuất phát từ quy tắc áp dụng chung”. Đạo luật được áp dụng cho chính phủ liên bang và tiểu bang.
RFRA ra đời ba năm sau khi Bộ phận Việc làm, Bộ Nhân lực Oregon kiện Smith(1990), trong đó Tòa án Tối cao phán quyết rằng một tiểu bang có thể từ chối trợ cấp thất nghiệp cho các thành viên của Giáo hội người Mỹ bản địa đã bị sa thải khỏi công việc của họ vì họ ăn peyote cho các mục đích bí tích; tòa giải thích rằng chính phủ có thể áp dụng các luật chính thức trung lập đối với tôn giáo. Đáp lại, Quốc hội đã thông qua RFRA, khiến các chính phủ gặp nhiều khó khăn hơn trong việc kiểm soát các quyền tự do tôn giáo. Khi mở rộng đạo luật cho các chính quyền tiểu bang, Quốc hội dựa vào Mục 5 của Tu chính án thứ mười bốn, cho phép Quốc hội có quyền thực thi các quy định của sửa đổi đó; Tu chính án thứ mười bốn yêu cầu phải có quy trình phù hợp trước khi tước đoạt tính mạng, quyền tự do hoặc tài sản của bất kỳ người nào và sự bảo vệ bình đẳng theo luật pháp.
Tại Flores , một tòa án quận liên bang đã ra phán quyết đối với Boerne, cho rằng RFRA là vi hiến. Tuy nhiên, Tòa án phúc thẩm vòng thứ năm đã đảo ngược bằng cách cho rằng đạo luật này hợp hiến.
Vụ kiện đã được tranh luận trước Tòa án Tối cao vào ngày 19 tháng 2 năm 1997. Quốc hội cho rằng Quốc hội không có toàn quyền quyết định ban hành các luật theo Mục 5 của Tu chính án thứ mười bốn. Quốc hội chỉ có quyền thực thi các quy định mà tòa án tổ chức, nhưng không thể thay đổi quyền mà nó đang thực thi. Trên thực tế, Quốc hội có quyền khắc phục để ngăn chặn các hành vi lạm dụng theo Tu chính án thứ mười bốn. Để minh họa cho quan điểm này, tòa án đã trích dẫn Đạo luật Quyền bỏ phiếu năm 1965. Tòa án đã ủng hộ đạo luật đó trong nhiều trường hợp khác nhau, nhận thấy rằng Quốc hội có quyền ban hành "các biện pháp ngăn chặn và khắc phục hậu quả" để sửa chữa "sự phân biệt chủng tộc phổ biến và dai dẳng" trong Hoa Kỳ. Tuy nhiên, trong trường hợp của RFRA,tòa án nhận thấy rằng lịch sử lập pháp của đạo luật thiếu "ví dụ về bất kỳ trường hợp nào của luật áp dụng chung được thông qua do sự cố chấp tôn giáo trong 40 năm qua." Hơn nữa, tòa án nhận thấy rằng hành vi này “không phù hợp với một đối tượng được cho là có thể khắc phục hoặc ngăn chặn đến mức không thể hiểu nó là hành vi đáp ứng hoặc được thiết kế để ngăn chặn hành vi vi hiến”.
Ngoài ra, tòa án nhận thấy rằng RFRA quá rộng và sẽ dẫn đến sự xâm nhập ở mọi cấp chính quyền. Tòa án tự hỏi làm thế nào nó sẽ xác định được liệu hành động của chính phủ có gây gánh nặng đáng kể cho quyền tự do tôn giáo của một người hay không. Tòa án kết luận rằng RFRA là "một sự xâm nhập đáng kể của Quốc hội vào các đặc quyền truyền thống và thẩm quyền chung của các Bang" và do đó vi hiến khi áp dụng cho các bang. Quyết định của Đệ Ngũ Mạch đã bị đảo ngược.
