Khi Sudan giành độc lập vào ngày 1 tháng 1 năm 1956, các dân tộc chủ yếu theo thuyết vật linh và Thiên chúa giáo sống ở phía nam của đất nước mới không có biểu tượng khu vực, trong khi những người Hồi giáo chiếm ưu thế ở miền bắc và trung tâm của đất nước lại trưng bày các biểu ngữ mang biểu tượng Hồi giáo. Trước khi giành độc lập, người Anh (người cùng cai trị với người Ai Cập) đã sắp xếp các biểu tượng địa phương thích hợp cho các vùng ở Sudan, nhưng chính phủ mới ở Sudan độc lập phản đối việc sử dụng những biểu tượng này là trái với việc thúc đẩy đoàn kết dân tộc.
Câu đố Khám phá Châu Phi: Sự thật hay Viễn tưởng? Ở Kenya, nó không bao giờ có tuyết.Ngay từ đầu, người miền nam Sudan đã cảm thấy bị phân biệt đối xử bởi miền bắc Hồi giáo. Người miền Nam đã chiến đấu trong một cuộc nội chiến kéo dài và đẫm máu để giành độc lập của họ, đỉnh điểm là một thỏa thuận hòa bình vào năm 2005 bao gồm một cuộc trưng cầu dân ý về độc lập ở miền Nam. Cuộc trưng cầu dân ý đó đã được thông qua một cách áp đảo vào tháng 1 năm 2011 và Nam Sudan trở thành độc lập vào ngày 9 tháng 7. Vào những năm 1990, trong cuộc đấu tranh của họ với miền bắc, miền nam Sudan đã tạo ra một biểu ngữ độc lập, lá cờ quốc gia mới lần đầu tiên được kéo lên. Nam Sudan độc lập vào ngày 9 tháng 7 năm 2011.
Lá cờ này có sáu màu. Người da đen gợi nhớ tổ tiên người da đen ở Nam Sudan và tên truyền thống của vùng đất của họ, bắt nguồn từ tiếng Ả Rập bilād al-sūdān (“vùng đất của người da đen”). Màu trắng trên lá cờ là biểu tượng của hòa bình và thiện chí cho tất cả mọi người. Màu đỏ tượng trưng cho sự hy sinh xương máu của các anh hùng, liệt sĩ qua các thời kỳ. Màu xanh lá cây tượng trưng cho nông nghiệp, rừng, sự giàu có tự nhiên và sự thịnh vượng cũng như tiến bộ. Hình tam giác màu xanh đại diện cho hệ thống sông Nile vĩnh cửu, chảy qua đất liền và cung cấp nguồn dinh dưỡng. Màu vàng là biểu tượng của hy vọng và quyết tâm cho tất cả người dân.
