Vào ngày 30 tháng 6 năm 1964, ngay trước khi giành được độc lập, lãnh thổ Nyasaland của Anh, được đổi tên thành Malawi sau khi độc lập, đã được cấp một quốc huy, thay thế huy hiệu cờ của nguồn gốc thuộc địa Anh trước đó. Thiết kế mới cho thấy một con báo và một con sư tử với một tấm chắn giữa chúng. Trên tấm khiên được khắc họa một dòng sông cách điệu, một con sư tử và một mặt trời màu vàng đang mọc. Khẩu hiệu quốc gia, "Thống nhất và Tự do", xuất hiện bên dưới cánh tay, và trên cùng là một chiếc đĩa màu vàng có hình một con đại bàng hói.
Câu đố Khám phá Châu Phi: Sự thật hay Viễn tưởng? Ở Kenya, nó không bao giờ có tuyết.Lá cờ quốc gia đầu tiên của Malawi được treo lên khi độc lập, vào ngày 6 tháng 7 năm 1964. Thiết kế của lá cờ, ba sọc ngang bằng nhau màu đen, đỏ và xanh lá cây, tương ứng với lá cờ được sử dụng bởi Đảng Quốc hội Malawi, khi đó là lực lượng chính trị thống trị trong Quốc gia. Các sọc trên lá cờ lần lượt tượng trưng cho người dân châu Phi của đất nước, máu của những người tử vì đạo vì độc lập và thiên nhiên luôn xanh tươi của Malawi. Tên của đất nước có nghĩa là "vùng nước rực lửa", ám chỉ mặt trời lặn trên Hồ Nyasa (ở Malawi được gọi là Hồ Malawi), và một nửa mặt trời màu đỏ đã được thêm vào sọc trên cùng của quốc kỳ để phân biệt với cờ đảng.
Chính phủ của Pres. Bingu wa Mutharika đã đề xuất sửa đổi quốc kỳ và thiết kế mới đã được thông qua vào ngày 29 tháng 7 năm 2010 và được treo lần đầu tiên vào ngày 7 tháng 8. Các sọc trên lá cờ được sắp xếp lại thành đỏ-đen-xanh lá cây và hình nửa mặt trời mọc bị loại bỏ . Ở vị trí của nó xuất hiện một mặt trời toàn màu trắng, với 45 tia sáng tỏa ra từ nó, chính giữa lá cờ. Lý do được đưa ra cho sự thay đổi là, trong khi nửa mặt trời tượng trưng cho đất nước mới nổi, mặt trời hoàn chỉnh biểu thị sự trưởng thành của Malawi với tư cách là một quốc gia.
Tuy nhiên, lá cờ mới đã bị một bộ phận lớn người dân Malawi, những người ưa thích lá cờ ban đầu năm 1964 không thích. Mutharika qua đời vào tháng 4 năm 2012, và người kế nhiệm ông, Joyce Banda, thề sẽ khôi phục lại lá cờ cũ. Quốc hội Malawi đã bỏ phiếu để khôi phục nó làm quốc kỳ vào ngày 28 tháng 5 và nó đã được đưa vào sử dụng trở lại.
