Samoa không có cờ trước khi người châu Âu đến vào đầu thế kỷ 18, và lịch sử của quốc kỳ Samoa vào thế kỷ 19 rất phức tạp và không được ghi chép đầy đủ. Năm 1899, Anh, Đức và Hoa Kỳ đồng ý phân chia Samoa. Quốc kỳ Hoa Kỳ chính thức được treo trên American Samoa vào ngày 17 tháng 4 năm 1900, và vẫn là lá cờ chính thức duy nhất trong 60 năm tiếp theo. Chính quyền địa phương dần dần phát triển và mở rộng để thu hút một tỷ lệ ngày càng tăng dân số Samoan. Kết quả là, ý tưởng về một lá cờ địa phương lần đầu tiên được thảo luận vào những năm 1950. Các nhà lãnh đạo địa phương và Viện Gia huy của Quân đội Hoa Kỳ đã tạo ra lá cờ hiện tại dựa trên những ý tưởng do người dân Samoa đệ trình. Nó trở thành chính thức vào ngày 27 tháng 4 năm 1960, ngày hiến pháp đầu tiên của Samoa thuộc Mỹ có hiệu lực và kỷ niệm 60 năm chiếc cẩu đầu tiên của Hoa Kỳcờ ở Samoa.
Màu đỏ, trắng và xanh lam trên lá cờ là màu truyền thống ở cả Samoa và Hoa Kỳ. Đại bàng đang bay mang trên mình hai biểu tượng truyền thống của người Samoa, một chiếc roi ruồi ( fue ) và một câu lạc bộ chiến tranh ( uatogi ). Cái trước tượng trưng cho trí tuệ của các tù trưởng truyền thống của Samoa, và cái sau tượng trưng cho sức mạnh của nhà nước.
